作为第一课题负责人承担6项基金课题:

1. 国家自然科学基金资助项目(C39970674)：2000.01.01-2002.12.31，酵母双杂交法克隆丙肝病毒NS3结合蛋白基因。

2. 国家自然科学基金资助项目(C03011402)：2001.01.01-2003.12.31，腺病毒载体介导乙肝病毒单链抗体抗乙肝病毒研究。

3. 军队“九、五”科技攻关项目(98D063)：1999.01.01-2003.12.31，白细胞介素-18对乙肝基因疫苗免疫效果的促进作用。

4. 军队回国留学人员启动基金项目(98H038)：1999.01.01-2003.12.31，截短型乙肝病毒表面抗原反式调节基因的克隆化研究。

5. 国家自然科学基金资助项目(30371288)：2004.12.31-2006.12.31，乙型肝炎病毒准种基因芯片及其临床意义的研究。

6. 国家重点基础研究项目(973项目)(2004CB518908)：2005.01.01-2009.12.31，总课题：基于基因功能的创新药物研究;第8子课题：基于重要病毒感染宿主细胞和增殖途径的抗病毒药物研究：—抗病毒性肝炎药作用靶基因及创新药物研究，承担者：李燕，中国医学科学院药物研究所，成军，北京地坛医院传染病研究所。

指导、参与基因治疗研究中心的基金资助课题6项:

1.国家自然科学基金资助项目(C39900130)：课题负责人：钟彦伟，丙型肝炎病毒模拟表位的研究。

2.国家自然科学基金资助项目(C30070689)：课题负责人：王业东，噬菌体展示法克隆乙型肝炎病毒表面抗原结合蛋白编码基因。

3.军队“十、五”科技攻关青年基金项目(01Q138)：课题负责人：刘妍，噬菌体展示技术筛选乙肝病毒调控基因DNA结合蛋白的编码基因。

4.军队“十、五”科技攻关面上项目(01MB135)：课题负责人：张玲霞，特异性人源化单链抗体抗乙肝病毒靶向基因治疗研究。

5.北京市自然科学基金面上项目(5042024)：课题负责人：董菁，乙型肝炎病毒前-前-S区和前-X区的基础研究。

6.第35批博士后科学基金资助金(2004035045)：课题负责人：曲建慧，干扰素α调节的分子生物学机制。