1990年被国家人事部授予有突出贡献的中青年专家，1991年享受政府特殊津贴，1996年获首批军内专业技术重大贡献奖，1997年获香港何梁何利基金医学科学技术奖，1998年获美国联合保健勤务大学Michael DeBakey（迪贝克）国际军医奖，成为该奖设立15年来获此殊荣的第一位亚洲人。同年获重庆市政府首届民选争光贡献奖。1999年3月，江泽民主席亲自签发通令为王正国院士荣记一等功，以表彰他为战创伤医学研究所作的杰出贡献。同年，由其组织并牵头承担的“严重创伤早期全身性损害与组织修复的基础研究”课题被国家科技部确立为第二批国家重点基础研究发展规划项目，从而成为军队“973”项目第一位首席科学家。2000年获陈嘉庚医学科学奖和国际交通医学重大成就奖。2001年被中共中央组织部评选为“全国优秀共产党员”。2002年获第四届光华工程科技奖。2003年当选国际交通医学学会副主席、西亚地区主席；同年，他担任实验室主任的第三军医大学“创伤、烧伤与复合伤国家重点实验室”被国家科技部批准立项建设，成为全军第一家国家重点实验室。
