吴教授先后获国家、军队和上海市科技进步一、二等奖 24 项，出版《腹部外科手术学》、《肝脏外科学》等医学专著 18 部。 在国内外许多著名医学刊物上先后发表论文 220余篇(其中《Science》1篇)，SCI引文374篇次，中文引文354篇次。 自 1978 年以来，在他指导下全院共培养博士后研究员 18 名、博士研究生 70 名、硕士研究生 105 名。荣立个人一等功一次，二等功二次，三等功三次，获国务院颁发的科学技术突出贡献证书并终身享受特殊津贴。 1993 年获美国旧金山东华医院荣誉奖和陈家庚医药科学奖; 1994 年获全国“侨界十杰”荣誉称号、全军科技重大贡献奖、上海市医学荣誉奖、何梁何利医学基金奖; 1995 年获光华科技基金特等奖、上海烛光奖、爱国奉献奖、实用医学荣誉奖; 1996 年 1 月被中央军委授予“模范医学专家”荣誉称号; 1997 年、 1998 和 1999 年获全军医疗保健特殊贡献奖; 1998 年获全国百名名医奖; 1996 年他将所获奖金和社会捐赠共 500 万元成立吴孟超肝胆外科医学基金，以奖励我国在肝胆外科领域做出杰出成绩的专家，以促进我国肝胆外科事业的发展，现已颁奖四届，共奖励肝胆外科专家 27 名。